台灣的兩棲類，分有尾目與無尾目，目前發現的有：
有尾目：山椒魚 5 種(全部為台灣特有種保育類)
無尾目：蛙類 6 科 36 種(特有種 12 種、保育類 7 種、外來種 3 種) 如下
台灣的蛙類共有三十六種，分屬於六科：
蟾蜍科、樹蟾科、樹蛙科、叉舌蛙科、狹口蛙科、及赤蛙科。
一、蟾蜍科
它們在身體背面佈有大大小小、突起壘壘的疣，眼後還有一對大型突出的耳後腺，疣和耳後腺都能分泌白色的毒液，具有禦敵的功能，臺灣僅有兩種：即盤古蟾蜍和黑眶蟾蜍。
二、叉舌蛙科 (原赤蛙科)
叉舌蛙科有澤蛙、虎皮蛙、古氏樹蛙(福建大頭蛙)、及外來種海蛙等4種，外型和赤蛙科很像，但身上有許多棒狀凸起。
三、赤蛙科
它們多半擁有平滑的表皮，修長的身體和善於跳躍的後肢，體色常呈褐色、黃褐色或夾雜著綠色，一般人俗稱的田雞，就屬於這一類，臺灣共有拉都希氏赤蛙、斯文豪氏赤蛙、貢德氏赤蛙、台北赤蛙、長腳赤蛙、梭德氏赤蛙、腹斑蛙、豎琴蛙、金線蛙、及外來種的美洲牛蛙等10種。
四、狹口蛙科
顧名思義，它們的嘴很小，頭當然也很小，所以整隻蛙看起來像個三角型，分佈於臺灣的有小雨蛙、黑蒙西氏小雨蛙、巴氏小雨蛙、史丹吉氏小雨蛙、及外來種的亞洲錦蛙等5種。
五、六、分別是樹蛙及樹蟾科
它們的趾端膨大成吸盤狀，可以輕巧地在枝葉間攀爬，體色可隨著環境而變深或變淺。此類包括樹蟾科和樹蛙科，它們的外型相似，但內部骨骼結構不同，因此在分類上分屬於不同科。
臺灣的樹蟾科成員只有中國樹蟾一種，廣泛分布於北部及西部平原一千公尺以下的農耕地及山區；平常喜歡棲息在稻田附近的香蕉樹葉的基部及小灌木上，在棲息地附近的稻田、草澤、水溝等靜水域繁殖。
台灣的樹蛙科則有太田樹蛙、碧眼樹蛙、王氏樹蛙、布氏樹蛙、斑腿樹蛙、台北樹蛙、日本樹蛙、莫氏樹蛙、面天樹蛙、艾氏樹蛙、翡翠樹蛙、諸羅樹蛙、褐樹蛙、及橙腹樹蛙等14種。
外來的海蟾蜍
